简单的操作方法如下：1.把一包生物发酵菌剂和5公斤米糠（或玉米粉、麦麸、薯粉、麦粉、谷粉等）混合，制成菌剂混合物备用，目的是便于搅拌均匀；
2.然后把菌剂混合物和少量辅料秸秆粉搅拌混合均匀，然后再和全部原料搅拌混合均匀，逐级混合，边混合边按一定比例洒水，直到把所有的秸秆和粪料全部搅拌混合均匀。（如果原料比较湿就不用洒水，如果比较干，就建议洒水调节）
如果量大，不容易搅拌，也可以采取铺一层撒一层的方法，即铺一层原料，撒一层菌剂混合物，铺一层洒一层，然后适当翻耙几下，直到所有原料全部铺完即可。关键点就是水份控制在50%左右，就是用手紧握一把不滴水，紧握成团落地散开，湿润的感觉就可以了。
3.要求堆高80公分，夏天注意防止雨淋，冬天堆肥可以覆盖一层半润的秸秆冬天堆肥时可起到保温作用。
如果遇上下雨天，可以简单地用塑料薄膜覆盖一下，但不需要严格的密封（注：秸秆腐熟是好氧发酵，不可密封，并要求尽量疏松堆放），除冬天外的晴天可及时掀开塑料薄膜一次/天，以利于通气好氧发酵，为了避雨，有条件的也可以再在料上方设置遮雨的雨棚，防止雨水淋湿；
适当松料一次，以增强发酵，充分成熟：一般物料会在发酵1～2天内（冬天慢一些），内部温度可以达到50～70℃以上，再保持到第3天后，即建议可开始松料处理，可用木棒或长耙插入料中松动几下。几天后，如果温度超过65℃，则可再次松料，一般松料2次，温度保持相对恒定后发酵就完成了。
发酵成功的标志是：物料已经没有了粪便的臭味，相反有种淡淡的生物发酵后的清香味，堆内布满大量白色菌丝（由于翻料，这个现象有时不能观察到）。
发酵好的有机肥中富含多种有益微生物，其中主要微生物功能菌-如地衣芽孢杆菌、和嗜热侧孢霉菌两种菌种，前者兼具好氧和厌氧功能，后者则适应性，繁殖速度快，菌群“霸道”，均具有大量分泌生物抗生素，在繁殖过程中抑制有害病菌的功能，可抑制或杀灭多种植物土传病菌及寄生虫卵，防病保根壮苗作用强烈；
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